В соответствии с приказом Минэкономразвития России “О структуре таможенных органов Федеральной таможенной службы (региональных таможенных управлений и таможен) с 1 ноября 2004 года начата реорганизация Северо-Западного таможенного управления.

Начальником Северо-Западного таможенного управления генерал-полковником таможенной службы Владимиром Вьюновым 12 ноября утвержден план мероприятий по реорганизации СЗТУ. Северо-Западная тыловая таможня путем присоединения войдет в состав Управления и в дальнейшем будет функционировать в качестве тыловой службы.

Численность самого Управления сократится и составит 928 должностных лиц и 57 работников.

Реорганизацию планируется завершить до 1 января 2005 года.